U okviru druge komponente IPA-e – prekogranične saradnja, BiH učestvuje u šest programa: u tri bilateralna programa prekogranične saradnje sa Hrvatskom, Srbijom i Crnom Gorom, u jednom programu prekogranične saradnje sa državama članicama – IPA Jadranski program, te u dva programa transnacionalne saradnje Jugoistočna Evropa (SEE) i Mediteran (MED).

Svi programi implementiraju se putem grant šema za koje se objavljuju pozivi za podnošenje projektnih prijedloga. (više informacija o svakom programu pojedinačno je na relevantnim programskim web stranicama). Aktivnosti vezane za realizaciju programa prekogranične/transnacionalne saradnje u BiH su u nadležnosti Direkcije za evropske integracije/Sektor za koordinaciju programa pomoći EU/Odsjek za prekograničnu saradnju, međunarodne i posebne programe pomoći EU .