Sektor za strategiju i politike integracija operativno osigurava i podržava učešće Direkcije za izradu prijedloga politika, zakona, drugih propisa i smjernica, koje se odnose na izvršenje poslova, koje je BiH dužna preduzimati kako bi se uključila u procese evropskih integracija. Sektor operativno usklađuje aktivnosti organa vlasti u BiH, u vezi sa procesom evropskih integracija, te koordinira i nadzire provedbu njihovih odnosnih odluka; koordinira operativne kontakte u funkciji Direkcije, kao glavnog partnera Evropske komisije u Procesu stabilizacije i pridruživanja, te koordinira saradnju na planu priprema, osiguravanja podrške za neometano i uspješno odvijanje procesa pregovaranja s Evropskom unijom.

(2) U ostvarivanju utvrđene nadležnosti Sektor je odgovoran za:

a) pripremanje i predlaganje strateških dokumenata, potrebnih za evropske integracije BiH;
b) koordinaciju predstavljanja Bosne i Hercegovine u Procesu stabilizacije i pridruživanja, kroz podršku pregovaračkom timu Bosne i Hercegovine i pružanje stručne pomoći institucijama BiH, te putem organiziranja sastanaka Evropske komisije i zajedničkih tijela, koja se uspostavljaju u ovom procesu;
c) funkcionalnu saradnju i operativne kontakte po pitanjima evropskih integracija u nadležnosti Sektora sa ministarstvima, organima uprave, vladama entiteta i Distrikta Brčko BiH, kao i s odgovarajućim parlamentarnim i drugim tijelima;
d) koordinaciju izrade izvještaja o napretku, kao i pružanje stručne pomoći institucijama BiH;
e) pripremu i predlaganje strateških dokumenata i prioriteta u oblasti usklađivanja legislative Bosne i Hercegovine s acquis communautaire-om (primarno u svjetlu razvojnih perspektiva Bosne i Hercegovine, kao i ostvarivanja kratkoročnih i srednjoročnih prioriteta iz Evropskog partnerstva, te obaveza koje proizilaze iz Sporazuma o stabilizaciji i pridruživanju, te uopćeno Procesa stabilizacije i pridruživanja); pripremu i predlaganje Programa pridruživanja Bosne i Hercegovine Evropskoj uniji (PPEU BiH), kroz saradnju sa Sektorom za usklađivanje pravnog sistema, te praćenje i izvještavanje o realizaciji PPEU BiH;
f) saradnju i operativne kontakte sa različitim programima, strategijama i inicijativama, kao što su: Razvojna strategija BiH, pregovori sa Svjetskom trgovinskom organizacijom (WTO);
g) saradnju sa Sektorom za usklađivanje pravnog sistema u izradi analiza (mogućih) posljedica namjeravanog ili izvršenog usklađivanja propisa u pojedinim oblastima;
h) povezivanje sa relevantnim domaćim i inostranim bazama podataka, institucijama za analize i istraživanja; praćenje i razmjenu zajedničkih iskustava u metodologiji izvještavanja i analize sa državama regije, učesnicama Procesa stabilizacije i pridruživanja, te usvajanje
i) dobra iskustva iz prakse onih država koje su ostvarile veći stupanj napretka u procesu pristupanja Evropskoj uniji;

(3) Ostvarivanje djelokruga Sektora obavlja se putem sljedećih unutrašnjih organizacionih jedinica:

a. Odsjek za koordinaciju Procesa stabilizacije i pridruživanja
b. Odsjek za strategiju i planiranje
c. Odsjek za istraživanje i analizu