Sektor za usklađivanje pravnog sistema planira i koordinira usklađivanje pravnog sistema Bosne i Hercegovine sa pravnim propisima Evropske unije, predlaže mjere za usklađivanje, osigurava ekspertnu pomoć ministarstvima i organima uprave u procesu usklađivanja pravnog sistema Bosne i Hercegovine sa odredbama acquis-a i provjerava usaglašenost pravnih propisa Bosne i Hercegovine.

U ostvarivanju utvrđene nadležnosti Sektor je odgovoran za:

a) planiranje i koordinaciju aktivnosti na nivou Bosne i Hercegovine u procesu usklađivanja pravnog sistema Bosne i Hercegovine sa acquis-em;
b) u okviru svojih nadležnosti, koordinaciju, izradu i praćenje Programa integrisanja Bosne i Hercegovine u Evropsku uniju;
c) učešće u radu tijela koja se osnivaju Sporazumom o stabilizaciji i pridruživanju;
d) provjeru usklađenosti pravnih propisa Bosne i Hercegovine;
e)učešće u planiranju zakonodavne dinamike Vijeća ministara Bosne i Hercegovine;
f) predlaganje metodologija i mjera za usklađivanje pravnih propisa;
g) saradnju i operativne kontakte sa državnim i entitetskim institucijama u oblasti usklađivanja pravnih propisa;
h) saradnju sa Delegacijom Evropske unije u Bosni i Hercegovini, kao i drugim tijelima Evropske unije iz nadležnosti Sektora;
i) praćenje procesa usklađivanja i primjene zakonodavstva Evropske unije u državama kandidatima i članicama Evropske unije;
j) koordinaciju rada interinstitucionalnih i drugih radnih grupa formiranih za usklađivanje pravnog sistema / pravnih propisa Bosne i Hercegovine sa pravnim propisima Evropske unije;
k) učestvovanje u programima pomoći Evropske unije ministarstvima i organima uprave u segmentu usklađivanja pravnih propisa;
l) pružanje ekspertne pomoći organima državne uprave u Bosni i Hercegovini i radnim tijelima Vijeća ministara u procesu usklađivanja pravnih propisa.

Ostvarivanje djelokruga Sektora obavlja se putem sljedećih unutrašnjih organizacionih jedinica:

a) Odsjek za politička pitanja, pravosuđe i unutrašnje poslove, regionalne i sektorske politike,

b) Odsjek za unutrašnje tržište, konkurenciju, ekonomska i finansijska pitanja i

c) Odsjek za poljoprivredu i ribarstvo.