Planira, koordinira i prati usklađivanje pravnog sistema BiH sa pravnim propisima Evropske unije, analizira usklađenost prijedloga propisa sa propisima Evropske unije, s obavezama preuzetim Sporazumom o stabilizaciji i pridruživanju BiH Evropskoj uniji (SSP), izrađuje mišljenja o usklađenosti nacrta propisa u sljedećim oblastima: 

-      vanjski poslovi

-      vanjska, sigurnosna i odbrambena politika

-      pravosuđe i osnovna prava

-      pravda, sloboda i sigurnost

-      regionalna politika i koordinacija strukturnih instrumenata

-      transportna politika

-      transevropske mreže

-      energija

-      poduzetništvo i industrijski razvoj

-      nauka i istraživanje

-      obrazovanje i kultura

-      socijalna politika i zapošljavanje i

Odsjek učestvuje u koordinaciji i pripremi, kao i izradi Programa pridruživanja Bosne i Hercegovine Evropskoj uniji (PPEU), te učestvuje u nadzoru njegove provedbe, ažuriranju i izvještavanju.