Planira, koordinira i prati usklađivanje pravnog sistema BiH sa pravnim propisima EU, analizira usklađenost nacrta prijedloga propisa sa propisima Evropske unije, s obavezama preuzetim SSP-om, izrađuje mišljenja o usklađenosti nacrta propisa u sljedećim oblastima: 

-         poljoprivreda i ruralni razvoj

-         sigurnost hrane, politika veterinarstva i fitosanitarne zaštite

-         ribarstvo, i

-         životna sredina i zaštita okoliša.

Odsjek učestvuje u koordinaciji i pripremi, kao i izradi Programa pridruživanja Bosne i Hercegovine Evropskoj uniji (PPEU), učestvuje u nadzoru njegove provedbe, ažuriranju i izvještavanju.